Prvým krokom v štúdiu a vykonávaní ochrany rastlín je správne pochopenie jej podstaty a úlohy. Pre niektorých záhradkárov sa pod pojmom ochrana rastlín skrývajú iba chemické postreky, ktoré sa snažia aplikovať všade, kde je to možné a tento spôsob ochrany sa stáva ich koníčkom. 

Chemická ochrana je však iba jedno z posledných opatrení, ktoré sa uplatňuje až vtedy, kedy sú iné spôsoby ochrany nedostatočné. Preto sa v súčasnosti moderná a efektívna poľnohospodárska výroba pridŕža zásad integrovanej ochrany rastlín, ktoré sú vhodné aj pre záhradkársku verejnosť. Z týchto zásad je najdôležitejší fakt, že cieľom integrovanej ochrany nie je zničenie škodlivého organizmu (hneď ako sa objaví), ale jeho udržanie pod prahom škodlivosti – tzv. regulácia. Na to sú samozrejme potrebné hlbšie vedomosti, najmä poznanie infekčného cyklu, epidemiológie a spôsobov ochrany. Všeobecne sa pri integrovanej ochrane rastlín využívajú najprv preventívne, neskôr biologické a nechemické spôsoby ochrany a nakoniec, keď je to nevyhnutné, sa pristupuje ku chemickej ochrane. Krédom integrovanej ochrany rastlín je čo najväčší ohľad na životné prostredie a prirodzený ekosystém, čo má priamy dosah aj na zdravie samotných spotrebiteľov, resp. konzumentov dopestovaných produktov.

Opačným extrémom záhradkárov je úplné odmietanie chemickej ochrany. Záhradkári síce chemickú ochranu obídu, ale v dôsledku poškodenia alebo zničenia vlastnej úrody si v obchodnej sieti nakúpia produkty, ktoré sú možno niekoľkonásobne viac chemicky ošetrované, ako vyžadovala konkrétna situácia v ich záhradke.

V súvislosti s integrovanou ochranou a najčastejšie s chemickou ochranou sa často spája termín „signalizácia“. V poľnohospodárskej veľkovýrobe a podobne aj v záhradkách nie je možné a ani efektívne, aby každý pestovateľ či záhradkár sledoval priebeh teplôt a zrážok, v súvislosti so vznikom určitých chorôb alebo výskytom niektorých živočíšnych škodcov. Preto štátne orgány rastlinolekárskej starostlivosti, najmä ÚKSÚP (Ústredný kontrolný a skúšobný ústav poľnohospodársky) vydávajú tzv. signalizáciu, ktorá upozorňuje odbornú verejnosť na začiatok ochrany alebo rizika výskytu niektorých škodlivých činiteľov.